A dislexia resulta de uma deficiência fonológica. Um déficit circunscrito e condensado no processo fonológico interfere na descodificação, impedindo o reconhecimento imediato das palavras. Essa deficiência básica no que é essencialmente uma função de nível mais baixo da linguagem, bloqueia o acesso a processos de linguagem de nível superior e à possibilidade de obter significado a partir do texto.
Embora os processos de linguagem envolvidos na compreensão e no significado estejam intactos em uma pessoa com dislexia, eles não podem ser ativados porque só podem ser acessados depois de uma palavra ser reconhecida.
Isso explicaria porque uma pessoa com inteligência superior, vocabulário excelente e curiosidade ilimitada, não consegue decifrar a mais simples das palavras ou ler uma passagem em voz alta. Quando esta pessoa lê um texto em silêncio, ela pode colocar suas habilidades para pensar e raciocinar, usando o contexto ao redor da palavra para descobrir seu significado quando não consegue decifrá-lo. É por isso também, que quando a pessoa dislexica escuta uma história, seu desempenho na interpretação é muito mais rico do que quando ela necessita ler, pois assim, pode usar todas as suas habilidades de raciocínio de alto nível para acompanhar a narrativa e responder às questões sobre ela. Embora o componente fonológico esteja prejudicado na dislexia, os componentes de nível superior permanecem intactos, já que as capacidades fonológicas não estão relacionadas à inteligência.
Se a dislexia é resultado de uma deficiência fonológica, outras conseqüências do funcionamento fonológico deficiente estão também presentes, como por exemplo dar nome errado a um objeto. Não é resultado de uma falta de conhecimento, mas da confusão dos sons da linguagem, assim, uma pessoa pode olhar para uma foto de um vulcão e chamá-lo de furacão, embora se questionada perceba-se que ela sabe o significado da palavra furacão.
No sistema neural para a leitura há dois caminhos: um para quem está começando a ler onde ocorre a verbalização lenta das palavras, e outro trajeto, mais rápido, para os que já lêem bem. Os disléxicos apresentam uma falha neste circuito, usando caminhos cerebrais diferentes.
